Разница между MP4 и WebM в том, что это два разных контейнера для видео и аудио, с разными наборами «типичных» кодеков и разной областью применения.
MP4 — универсальный формат на основе ISO BMFF. Чаще всего в нём используют видео H.264 или H.265 и аудио AAC. Поддержка MP4 максимально широкая: любые браузеры, телефоны, телевизоры, редакторы, соцсети. Особенно важно: на устройствах Apple и в Safari MP4 работает без проблем. У MP4 сильная интеграция с DRM и потоковыми сервисами. Минус — кодеки H.264/HEVC лицензируются, для коммерческого использования иногда нужны роялти.
WebM — проект Google на базе Matroska, ориентированный на веб. Обычно внутри VP8, VP9 или AV1 для видео и Opus/Vorbis для аудио. Эти кодеки современнее и эффективнее: при том же качестве файлы меньше, чем с H.264. Но совместимость ограничена: современные браузеры (Chrome, Firefox, Edge) поддерживают WebM хорошо, а в Safari и на старых устройствах могут быть проблемы. Аппаратное ускорение VP9 и AV1 есть не везде, поэтому на слабых устройствах возможна нагрузка на процессор.
По лицензиям WebM считается более «свободным», но MP4 стандартизирован и привычен индустрии. В плане инструментов MP4 поддерживают все редакторы и сервисы, WebM — чуть хуже, но его роль для веба растёт.
Практика:
MP4 с H.264/AAC нужен для совместимости «везде».
WebM с VP9 или AV1 стоит использовать как более лёгкий и качественный вариант для современных браузеров.
Лучший подход для сайтов — предлагать оба формата: WebM как основной, MP4 как запасной.